Nejvýznamnější odborné publikace 

Colitis ulcerosa, Unie, Praha 1948.

Základy rektoskopie, s K Herfortem,Stát.zdrav. naklad.,Praha 1955.

Zácpa, Stát. zdrav. naklad., Praha 1959.

Praktická gastroenterologie, Stát.zdrav.naklad.,Praha 1964 a 1968.

Praktičeskaj a Gastoenterologia, Stát.zdrav. naklad., Praha 1967.

Omyly v rentgenové diagnostice trávicího ústrojí, s F. Pirkem, Avicenum, Praha 1988.

Klinická gastroenterologie, Avicenum,Praha 1988.

Gastroenterologie (editor), Karolinum, Praha 1999.

Dyspepsie, Funktionelle Störungen des oberen Verdauungstrakres.Normed Verlag,Bad Homburg 1992.

Termininology, Definitions and Diagnostic Criteria in Digestive Endoscopy, Normed Verlag, Bad Homburg 1984-2002, opakovaná vydání a překlady do 13 jazyků.

Illustrated Termininology, Definitions and Diagnostic Criteria in DigestiveEndoscopy, Normed Verlag,Bad Homburg 1992-1994, překlady do 4 jazyků.

Digestive Endoscopy and Gastoenterology (CD-ROM multimédia), Normed Verlag, Bad Homburg 1996-2003, v 5 jazycích.

Endoscopic Diagnosis in Gastroenterology, Normed Verlag, Bad Homburg 1999-2003, překlady do 4 jazyků.

Differential Diagnosis in Gastrointestinal Endoscopy, The Karolinum Press, Praha, 2003.

Endoskopia przewodu pokarmowego, Wydawnictwo Lekarskie PZWL, Warszawa, 2005

Trávicí obtíže v lékařské praxi, Galén, Praha, 2007.

Ostatní významné publikace

Paměti, Karolinum, Praha, 1997.

JosefPelnář, Karolinum, 2000.

Josef Mařatka: Vzpomínky a záznamy, (Ed.) Odeon, Praha 1987. 2. Vydání. Karolinum, Praha, 2003.

Zamyšlení nad medicínou, životem a světem, Galén, Praha, 2009.